Com este Mestrado em Ecologia Aplicada pretende-se que o formando adquira uma compreensão aprofundada e especializada dos principais processos ecológicos, das questões ligadas à perda e gestão da Biodiversidade, bem como da sua importância, incluindo as interações entre as diferentes componentes, bióticas e abióticas, dos próprios Ecossistemas. Pretende-se, também, que o estudante conheça os mecanismos fisiológicos essenciais ao correto funcionamento dos indivíduos e os mecanismos de retroação envolvidos, que seja capaz de reconhecer e interpretar a Biodiversidade presente nos diversos tipos de Ecossistemas, as principais adaptações dos organismos à vida nesses ecossistemas e as principais ameaças à manutenção da Biodiversidade.

Esta é, definitivamente, uma das áreas mais relevantes que extravasa as Ciências Biológicas, para a qual o mercado Português e internacional vai ter uma necessidade crescente de quadros, seja por conta de outrem (Administração Central e Local (Secretarias de Estado do Ambiente, das Pescas, da Agricultura e das Florestas e Desenvolvimento Rural, Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Rural, Agência Portuguesa do Ambiente, Instituto da Água, Instituto da Conservação da Natureza e da Biodiversidade, Autoridade Florestal Nacional, Câmaras Municipais, Associações de Municípios, etc.), Organizações Não Governamentais, Empresas, Indústrias, etc.), seja criando empresas de prestação de serviços ou atividades de consultadoria nesta área do conhecimento aplicado.